生態(tài)工程將水體復合生態(tài)系統(tǒng)作為一個整體。不僅考慮某一方面、項目或措施的簡單結果，應按社會、經濟、自然的具體條件，顧及前因后果的連鎖反應，上游與下游的物質（原料、產品和廢物等）、能量、信息等的輸入、遷移、轉化、輸出等流動和循環(huán)途徑和量，將多項目、多種技術、多種措施、多個環(huán)節(jié)有機組合與優(yōu)化，協(xié)調系統(tǒng)中各環(huán)節(jié)間的定性和定量的合理關系，聯(lián)結成相互聯(lián)系，互利共生的系統(tǒng)，發(fā)揮整體功能。 因類、因地制宜地根據(jù)具體水體復合生態(tài)系統(tǒng)的主次功能和問題，統(tǒng)一規(guī)劃，統(tǒng)籌兼顧。通過生態(tài)設計、生態(tài)工程與生態(tài)管理，將單一的生物環(huán)節(jié)、物理環(huán)節(jié)、經濟環(huán)節(jié)和社會環(huán)節(jié)組裝成一個有強生命力的生命系統(tǒng)，調節(jié)系統(tǒng)的主導性與多樣性，開放性與自主性，靈活性與穩(wěn)定性，使生態(tài)學的競爭、共生、再生和自生原理得到充分的體現(xiàn)。

水體生態(tài)修復工作在我國才剛起步，尚未建立一套完善的設計規(guī)范和評估標準。目前對生態(tài)治理的理解比較浮淺，甚至片面。有人認為種一些水生植物、投入一些微生物或放養(yǎng)部份水生動物或是增加幾處園林水景等就是水域的生態(tài)治理，這些雖是生態(tài)修復的內容之一，但不是生態(tài)修復的目標。生態(tài)修復的總目標是可持續(xù)發(fā)展。水域可持續(xù)發(fā)展內涵包括：經濟的持續(xù)增長、資源的永續(xù)利用、方法的正確合理、人與自然的調諧、生物間和諧共生、水體活力的維系。

　　⑴調諧好水體中食物鏈（網）各環(huán)節(jié)間的比量關系，使水體中的物質流、能量流不至于在某環(huán)節(jié)上中斷或積累，以至造成生態(tài)阻滯。

　　⑵根據(jù)某一水體的生態(tài)承載能力，通過生態(tài)工程的治理使營養(yǎng)物質的輸入小于輸出，并逐漸達到平衡。

　　⑶在生態(tài)學原理指導下，充分發(fā)揮生態(tài)系統(tǒng)本身的自組織作用和自我恢復功能，使水體進入良性循環(huán)，最終達到人與自然和諧相處，人口、資源、環(huán)境協(xié)調發(fā)展。